در واقع علامه طباطبايي از آن دسته عرفا حمايت مي‏كند و خود نيز در سلك آنان قرار مي‏گيرد كه داراي معرفت الله و متخلّق به اخلاق الله بوده و با تهذيب نفس، رياضات و مجاهدات و تزكيه روح و پاك ساختن دل از عشق و محبّت ماسوي الله به كمالاتي معنوي نائل شده و ضمن خلق نيكو، علم و عمل خالص و ذكر و فكر در اسماء و اوصاف الهي و ترك شهوت حيواني و فضولات دنيوي به موعظه، هدايت و تربيت جامعه انساني پرداخته و افراد مشتاق حق را راهنما هستند؛ از فقيران و درماندگان دستگيري كرده مظلومان را ياري نموده؛ گمراهان را به سرمنزل مقصود رسانيده و به حقيقت شاگردان عالي مدرسه انبياء و مكتب اهل‏بيت هستند و مضامين قرآني و روايي را زيربناي تلاش‏هاي فكري، علمي و اخلاقي خود مي‏دانند.
اما ايشان با آن دسته از صوفياني كه مدّعي دروغين مقام ولايتند و خود را به هواي نفس و حبّ رياست و خرقه‏بازي و سالوسي و ريا و دكان‏داري و فريب دادن مردمان ساده لوح و امور موهوم و تخيّلات مشغول كرده‏اند نه تنها مخالف است، بلكه انزجار و تنفرّي شديد از اين دسته داشته و معتقد است چنين افرادي با افسون و فريب جمعي را به نام درويش و فقير به گرد خود جمع كرده و دكاني از اخبار عرفاني و حكايت‏هاي اغراق‏آميز مشايخ صوفي را به نام كرامت براي آنان باز مي‏گويند و به قول مولوي حرف مردان خدا را دزيده تا متاعي براي دكان خود تدارك ببينند:

چنين صوفياني در مريدان خود هيچ تأثير كمال نفس و صفاي روح و خداشناسي و خداپرستي و تقوي نداشته، بلكه به خودپسندي و نخوت آنان افزوده و مردم را از فطرت خداشناسي و گرايش‏هاي عالي انساني و شوق ذاتي معرفت الله خارج كرده به وادي ضلالت و راه ريا و سمعت كشند. شمس الدين محمد اسيري لاهيجي چه خوب اينان را وصف كرده است:
وجد و حالاتش نباشد جز خُداع آن كه ميلش سوي لهوست و سماع
رهبر و رهزن زهم نشناخته لاف فقر اندر جهان انداخته
مخلص و صادق نمايد از برون صد فسون و مكر دارد در درون
عاميان را در هلاكت افكند رهزني چون نام خود ره‏بين كند
وز منازل‏هاي اين ره آگهم گويد او كه من قلا و وزرهم
ماند از نور ولايت بي‏فروغ هر كه باور كرد آن مكر و دروغ
در بيابان هلاكت زار مرد گم شد و هرگز به منزل ره نبرد
لاجرم بويي نيابي از خدا كرده‏اي نفس و هوي را پيشوا
تو همي گويي چو من عارف كه يافت نور عرفان در دل و جانت نتافت
دعوي عرفان و تلبيس و هوي نيستت از عارفان شرم و حيا
هر چه بودش نقد او بر باد داد1 واي آن طالب كه در دامش فتاد
علامه طباطبايي كه از جهت سير باطني در مدارج و معارج عوالم غيب و ملكوت و وصول به درجات مقرّبين و صديقين نامور بود، از جهت شرع، فقيهي متشرّع به شمار مي‏رفت و در رعايت سنن و آداب به تمام معني بذل توجه داشت و حتي از به جا آوردن كوچك‏ترين مستحبات دريغ نمي‏نمود و به آورندگان شرع مبين به ديده تعظيم و تجليل مي‏نگريست، نسبت به برخي صوفيه كه به شرع مقدّس آن طور كه بايد و شايد اهميت نمي‏دادند معترض و از آنان انتقاد مي‏كرد و روش آنان را مقرون به خطا و غير مصيب به سر منزل مقصود مي‏دانست. از آن طرف نسبت به برخي متنسّكين كه به عنوان شرع و حمايت از دين و ترويج شرع مبين، علماي رباني را كه با مراقبه و محاسبه سر و كار داشته و از طريق تزكيه و عبادت به كمالاتي معنوي رسيده بودند، مذمّت مي‏كردند، و چنين تفكّري را ناشي از تعصّب بي‏جا و خشك مي‏پنداشت كه روح شريعت از آن بيزار بود.2 به نظر علامه بدگويي از چنين انسان‏هايي كه به طريق كشف و شهود خدا را شناخته‏اند و به حالات معنوي رسيده‏اند يك نوع جمود فكري بوده و با سيره اهل بيت عصمت و طهارت(ع) در تباين مي‏باشد.
علامه مجلسي صاحب كتاب گران سنگ «بحارالانوار» با صوفيه ميانه خوبي ندارد و با صوفيان زمان خود مبارزه بي‏اماني را انجام داد و حتي برخي را نفي بلد كرد و راه ايشان را بدعت دانست و اظهار داشت اينان عقايد حقّه را تحريف كرده و در نواميس شرعيّه تصرّف مي‏كنند3 و در رد تصوف و عقايدشان رساله‏اي نگاشت.4 علامه طباطبايي به هنگام تعليقه نويسي بر «بحارالانوار»5، با آن كه مقام علمي بسيار والا و برجسته‏اي براي علامه مجلسي قائل است، مخالفت ايشان را با درك‏هاي ذوقي و عرفاني مورد نقد قرار داده و اين راه را به عنوان يكي از سه راه دست‏يابي به انديشه ديني دانسته است. در هفتمين كنگره سالانه بزرگداشت و بررسي آثار و افكار علامه طباطبايي ـ كه در تاريخ 23 آبان 1371 در تالار وحدت دانشگاه تبريز گشايش و به مدت سه روز ادامه داشت ـ آية الله ملكوتي ضمن ابراز تأسف از اين كه اشخاصي نگذاشتند تعليقات علامه طباطبايي بر بحارالانوار ادامه يابد، از مخالفت علامه مجلسي با عرفان دفاع كرد و گفت بايد ببينيم مجلسي در چه شرايطي با اين مسائل مخالفت كرده است. در وقتي كه پادشاه عثماني سلطان صفوي را بچه درويش خطاب مي‏كرد و ايرانيان متهم به صوفي‏گري و درويش مسلكي بوده‏اند. البته اين اظهارات خود نياز به بررسي دقيق‏تري دارد و بايد افزود كه علامه مجلسي همان صوفياني را مذمت كرده كه علامه طباطبايي از آنها نفرت داشته و ما بدان‏ها اشاره كرديم و اين محدّث عصر صفوي خود در منابع خويش برخي مضامين عرفاني را آورده و در همان رساله‏اي كه بر ضد صوفيان نگاشته مطالبي را در سير و سلوك با الهام و مستفاد از روايات آورده است و ايشان همچون علامه با آن صوفي‏گري مخالفت كرده كه در مقابل شرع و احكام ديني ايستاده‏اند و از خود مضاميني بافته‏اند كه به منابع و متون ديني نه تنها استنادي ندارد، بلكه با عرضه كردن آنها به چنين آثاري، ابطال آنها روشن مي‏گردد. محمد تقي مجلسي ـ پدر علامه مجلسي ـ خود از زهّاد عصر و نامداران طريقه عرفاني بود و مي‏كوشيد به وسيله اخبار اهل بيت، برخي از صوفيان را از عقايد نادرستشان برحذر دارد و گرچه در
هدايت عده‏اي از آنان توفيق يافت، ولي گروهي ديگر، سخن ارشادي ايشان را نپذيرفته و لذا وي از آنان تبرّي جست و تكفيرشان كرد.6
استاد شهيد مرتضي مطهري مي‏گويد: هانري كربن در مصاحبه‏اي كه با علامه طباطبايي داشت، از جمله سؤالاتي كه كرد اين بود كه اين مسأله ولايت را آيا شيعه از متصوّفه گرفته يا متصوّفه از شيعه؟ علامه در پاسخ وي گفته بود: متصوّفه از شيعه گرفته‏اند براي اين كه اين مسأله از زماني در شيعه مطرح است كه هنوز تصوّف صورتي به خود نگرفته و هنوز اين مسائل در بين آنان مطرح نبود. اين مسأله، مسأله انسان كامل و به تعبير ديگر حجّت زمان است كه عرفا روي آن تكيه دارند و در هيچ عصر و زماني از يك وليّ كامل كه آنها آگاهي از او تعبير به قطب مي‏كنند خالي
نيست و براي آن وليّ كامل كه انسانيّت را به طور كامل دارد، مقاماتي قائلند كه از افكار ما دور است.7
هم چنين از علامه طباطبايي پرسيده بودند: متصوّفه عقيده دارند مقصود از «هو الأوّل والآخر» در سوره حديد، حضرت علي(ع) است و علامه مجلسي در جلد هشتم بحارالانوار حديثي با چنين مضموني نقل كرده است و اگر بخواهيم ادعاي صوفيان را رد كنيم، گفته مرحوم مجلسي نيز مورد تكذيب قرار مي‏گيرد، در حالي كه ضمايري كه برگشتش به خداست در قرآن فراوان ديده مي‏شود، از كجا بفهميم كه مرجع اين ضماير علي(ع) نباشد با اين كه سياق آيات نشان مي‏دهد كه مرجع اين ضماير خداوند متعال است؟
علامه طباطبايي در پاسخ آنان گفت: آن چه در روايت وارد شده اين است كه حضرت علي(ع) «اول و آخر» است و در رواياتي هم آمده است كه معني اول و آخر بودن علي(ع) اين است كه اول كسي است كه به رسول اكرم(ص) ايمان آورد و آخرين كسي است كه از آن حضرت جدا شد و آن وقتي بود كه پيكر مطهّر آن حضرت را در قبر شريف گذاشت و بيرون آمد و ظاهر سياق اول سوره حديد مي‏رساند كه مراد از اول، كسي است كه وجودش مسبوق به عدم نباشد و از آخر، اين است كه وجودش ملحوق به عدم نباشد و آن خداست ـ عزّوجلّ ـ چنان كه مي‏فرمايد: «و انّ الي ربّك المنتهي».8
هم چنين از اين عالم ربّاني پرسيده بودند كه بعضي مي‏گويند تمام موجودات و هستي‏ها از وجود خدا سرچشمه گرفته، پس تمام هستي به طور كلي در زمينه وحدت وجود خداست، لكن به صورت مختلف هستي‏ها را مي‏بينيم مثلاً بعضي را درخت، بعضي را سنگ، بعضي را آدم و امثال آن، جواب چيست؟
ايشان فرموده بودند براهين و ادلّه‏اي استوار وجود دارد كه خدا را براي عالم اثبات مي‏كنند، اين دلايل عالم را فعل خدا و خدا را فاعل معرفي مي‏كنند و بديهي است كه فعل غير از فاعل بايد باشد و اگر فعلي عين فاعل باشد بايد شي‏ء (فاعل) قبل از وجود خودش (فعل) وجود داشته باشد، پس عالم غير از خداست و بنابراين، اين كه گفته شده پس تمام به طور كلي در زمينه وحدت وجود خداست الي آخر غلط مي‏باشد.9

علامه طباطبايي از دوران نوجواني به انجام تكاليف شرعي و اعمال عبادي مقيّد بود، ذكر خدا بر لب داشت و نوافل را به جا مي‏آورد، شب‏هاي ماه مبارك رمضان تا صبح بيدار بود و پس از مطالعه به دعا و تلاوت قرآن و اذكار مشغول مي‏شد.10 در ايام ليالي رمضان مقيد بود دعاي سحر را با افراد خانواده بخواند.11 فرزند علامه ـ نجمة السادات طباطبايي ـ از قول مادرش ـ قمر السادات طباطبايي ـ نقل كرده كه علامه در ايامي كه در نجف بود پس از اقامه نماز شب نمي‏خوابيد و در فاصله بين نوافل شب و نماز صبح با برادرش سيد محمد حسن الهي به مباحثه مي‏پرداخت يا خط تمرين مي‏كرد.12
بنا به اظهارات علاّمه حسن زاده آملي، علامه طباطبايي همواره مراقب نفس خويش بود و از خدا غافل نمي‏شد و اين امر در صورت و رفتار و حرفشان پيدا بود كه ايشان در پيشگاه ديگري قرار گرفته، هرچند كه به صورت ظاهر بدنش با ديگران بود، مشخص بود كه در محضر ديگري نشسته است و اين حالات مصداقي از سخن امام صادق(ع) در مصباح الشريعة است كه مي‏فرمايد: العارف شخصه مع الخلق و قلبه مع الله بدن عارف با خلق و دلش با خداست ولامونس له سوي الله و هو في رياض قدسه مترود و من لطائف فضله متزوّد، توشه‏اش آن سويي است، قلبش در پيشگاه ملكوت عالم آمد و شد دارد و بر اثر اين مراقبت به صفت ملكوتي متّصف و بدان خو گرفته بود.13
استاد عبدالله جوادي آملي خاطر نشان نموده‏اند: علاّمه طباطبايي روح بسيار متعالي و حسّاسي داشت و وقتي از خدا صحبت مي‏شد آن قدر حالات عجيب از خود نشان مي‏داد كه انسان متحيّر مي‏شد كه واقعا در اين مواقع در كدام عالم سير مي‏كنند.14
علامه طباطبايي بر چهار كتاب مهم عرفاني؛ يعني تمهيد القواعد، شرح فصوص ــــري ؟ ، مصباح الانس صدرالدين قونوي و فتوحات محي الدين عربي تسلّط كامل داشت و در تدريس و بررسي آنها صاحب نظر بود و در واقع در فن عرفان اجتهاد داشت و در مسير كشف و شهود و سير و سلوك از اساتيدي چون آية الله سيد علي قاضي طباطبايي (1285 ـ 1360 هـ.ق) و سيد حسين بادكوبه‏اي (1293 ـ 1358 هـ.ق)15 بهره‏مند گشت.
در واقع به فرمايش مقام معظم رهبري حضرت آية الله العظمي خامنه‏اي: «چهره معنوي علامه طباطبايي سيماي پرصلابت مردي بود كه ايمان استوار و عرفاني راستين را با دانش گسترده و عميق توأم ساخته و با آميزه شگفت خويش ثابت كرده بود كه اسلام مي‏تواند سوز درون دل سوختگان شيفته را با عقل راسخ فرزانگان فرهيخته يكجا گردآورد».16
و به قول شاعر معاصر زكريّا اخلاقي:
گرچه خود صاحب پاينده‏ترين برهان بود نور اشراق زسر تا قدمش مي‏باريد
از شميم خوش انديشه‏اش آبادان بود باغ نيلوفري حكمت و عرفان و ادب
كه بر او مشكل ديرينه عشق آسان بود17 دلبر از پيش خود آموختش اسرار سلوك

در يكي از روزهاي سال 1304 هـ.ش كه علاّمه طباطبايي در نجف اشرف براي كسب علم بسر مي‏برد در حالي كه به آينده خود مي‏انديشيد، عارف نامدار آية‏الله قاضي طباطبايي بر او وارد شد و با آن چهره جذاب و نوراني و حالت معنوي به علاّمه خيرمقدم گفت و در ضمن بيانات خويش اظهار داشت: كسي كه براي تحصيل علم به نجف مي‏آيد شايسته است علاوه بر فراگيري دانش‏هاي متفاوت به فكر تهذيب نفس و تكميل مكارم و كسب فضايل باشد و پس از آن سخنان، از جاي خود بلند شد و منزل علاّمه را ترك نمود. اين سخنان در روح و روان علامه طباطبايي تأثيري بسزا نهاد و هر موقع از سير و سلوك و تهذيب نفس سخن مي‏گفت، كمالات معنوي آية الله قاضي را برمي‏شمرد.18 ارمغان چنين ديداري آن بود كه علامه با وجود برخورداري از كتب فلسفي وآثار معقول و انديشه‏هاي برهاني، سير و سلوك قلبي و بينش شهودي را پيش گيرد.19
علامه طباطبايي، براي يكي از شاگردان خود نقل كرده است كه آن چنان بيانات شگفت‏انگيز اين عالم ربّاني و عارف صمداني بر صحنه دلم نقش بست كه بسيار برايم آرام بخش بود و گويي آن چنان سبكبارم كه در زندگي هيچ گونه ملالي ندارم:20
برد زدل زنگ پريشاني‏ام پير خرد پيشه نوراني‏ام
هان گذران است جهان شاد باش گفت كه در زندگي آزادباش
آية الله قاضي طباطبايي، شاگردان خود را طبق موازين شرعي با رعايت آداب باطني اعمال و حضور قلب در نماز و اخلاص در افعال به طريق خاصّي دستورهاي عرفاني و اخلاقي مي‏دادند و قلوب آنها را مهيّاي پذيرش الهامات عالم غيب مي‏نمودند، شاگردان را توصيه مي‏كردند چنانچه در حال اقامه نماز و يا قرائت قرآن و يا در حال ذكر و نيايش در مسجد سهله كوفه براي شما اتفاقي روي داد و برخي جهات غيب را مشاهده كرديد، اعتنايي نكرده به اعمال عبادي خويش ادامه دهيد!21
علامه طباطبايي نقل نموده است كه روزي در مسجد كوفه نشسته و مشغول ذكر بودم در آن حال حوريه‏اي بهشتي از طرف راستم مي‏آمد و يك جام شربت بهشتي در دست داشته و خود را به من ارائه نمود خواستم به او توجهي كنم كه به ياد توصيه استادم افتادم، لذا چشم پوشيده روي گردانيدم، آن حوريه برخاست و از طرف چپم آمد و بار ديگر آن جام را به من تعارف كرد، باز توجّهي نكردم، آل حوريه زنجير و از من دور شد، از آن زمان هر وقت چنين منظره‏اي را به ياد مي‏آورم از آزادگي وي متأثر مي‏شوم.22
هم چنين ايشان به ماجراي ديگري اشاره كرده و فرموده‏اند به ياد دارم هنگامي در نجف اشرف تحت تربيت اخلاقي و عرفاني مرحوم آية الله قاضي بوديم، سحرگاهي بر بالاي بام بر سجاده عبادت نشسته بودم، در اين موقع خواب سبكي بر من مستولي گرديد و مشاهده كردم، دو نفر مقابلم نشسته‏اند، يكي از آنها حضرت ادريس(ع) و ديگري برادر ارجمندم آقاي حاج سيد محمد حسن الهي بود، حضرت ادريس با من به مذاكره و سخن مشغول شدند، ولي طوري بود كه ايشان القاي كلام مي‏نمودند و سخنانشان به واسطه كلام اخوي استماع مي‏شد.23 در تأييد اين گونه حالات نقل كرده‏اند كه حضرت آية الله العظمي بروجردي، فرموده بود، استاد بزرگوار من آخوند كاشي كه مردي با كمال بود مي‏گفت: من فرشتگان را در آسمان در حال پرواز مشاهده مي‏كنم.24 به قول اسيري لاهيجي:

علامه طباطبايي، در خاطره‏اي ديگر گفته است: در ايامي كه در نجف نزد استادم آية الله قاضي مشغول كسب فيض بودم، روزي در حالت خلسه به خدمت حضرت علي بن جعفر الصادق(ع) رسيدم، به گونه‏اي كه گويا به من نزديك مي‏شد تا به حدّي كه نزديكي بدن او را ادراك مي‏كردم و صداي نفس او را مي‏شنيدم.25
آري ايشان با ورود به گلستان الهي و قرب او به مقام قدس خدايي به حالتي رسيده بود كه دري به سوي ملكوت برايش باز شده و نشانه‏هايي از غيب را كه بر ديگران مخفي است مشاهده مي‏كرد و اين حالت به خاطر آن بود كه علاّمه با تهذيب نفس و تزكيه شياطين را از وجود خويش دور ساخته بود، زيرا بنا به فرمايش حضرت امام صادق(ع) كه خود علامه در جايي نقل نموده است اگر نه اين بود كه شيطان‏ها اطراف دل‏هاي بني‏آدم گردش مي‏كنند حتما ملكوت آسمان‏ها و زمين را مي‏ديدند و اين مفسّر عالي‏قدر به مصداق آيه كريمه «والّذين جاهدوا فينا لنهدينهم سُبُلنا و انّ الله لمع المحسنين»،26 جزو عبادي بود كه به لطف خداوند و با اهتمامي وافر به كشف و شهود رسيد.
علامه حسن زاده آملي در يكي از آثار خود آورده‏اند: «خدمت استادم ـ علامه طباطبايي ـ عرض كردم جناب آقا بحمدالله تعالي وارداتي روي آورد، در جواب فرمودند: يك سلسله كشف اصلاً ترديد بردار نيست كه محض عيان است، مثل آن كشف عياني كه پيغمبر اكرم(ص) براي شما اذان مي‏گفت، براي مكاشف احوالي پيش مي‏آيد كه معيار تميز و ميزان صحّت و سقم به دست مي‏آورد، بايد قرآن و عقل را ضابطه قرار داد».27
در عرفان عملي ايشان به جايي رسيده بود كه چشم برزخيش باز بود و انسان‏ها را مطابق سريره و ملكات آنان مشاهده مي‏نمود.28 علامه در تمامي برنامه‏هاي خود تنها خداي متعال را هدف خويش مي‏دانست، چنان كه اميرمؤمنان(ع) خدا را نهايت آرزوي عارفان به حق دانسته و در دعاي كميل فرموده است: يا غاية آمال العارفين، وي حقّا مصداق واقعي اين جمله آن حضرت بود و حتي در پژوهش‏هاي علمي از ذكر خداوند و ياد حق غافل نمي‏شد.
اخلاقيات ايشان نيز ناشي از تراوش باطن و بصيرت ضمير و نشستن حقيقت سير و سلوك در كمون دل و ذهن او و متمايز شدن عالم حقيقت و واقعيت از عالم مجاز و اعتبار و وصول به حقايق عوالم ملكوتي بود.
استاد شهيد مرتضي مطهري، درباره تفسير الميزان گفته است: «تفسير الميزان همه‏اش با فكر نوشته نشد، من معتقدم كه بسياري از اين مطالب از الهامات غيبي است، كم‏تر مشكلي در مسائل اسلامي و ديني برايم پيش آمده كه كليد حل آن را در تفسير الميزان پيدا نكرده باشم...».29

روش علامه طباطبايي در خصوص مشاهير عرصه عرفان، تجليل از علماي راستين اين رشته از معرفت بود، براي مقام زهد و وارستگي و تصفيه باطن و رياضيات شرعي ملاصدرا ارزش قائل بود و وي را تحسين مي‏نمود. انديشه‏هاي فارابي را مي‏ستود و اظهار مي‏داشت آميزه‏اي از برهان و شهود اشراقي را مي‏توان در آثار اين حكيم يافت. درباره محي الدّين عربي از وي نقل كرده‏اند كه نامبرده فصوص الحكم را مُشت مُشت آورده و در فتوحات دامن دامن.30 در عين حال علامه بر برخي تفكّرات ابن عربي انتقاد داشت و خصوصا مسأله خلود وي را نقد نمود.31
در مورد ملاّصدرا هم چنان نبود كه در برابر آراي او تسليم محض باشد و عقيده داشت او انساني فهيم و بزرگي بوده، ولي نقد كردن سخنانش عين احترام نهادن به همان اظهارات است، در عين حال از انديشه‏هاي عرفاني ملاّصدرا ملهم بود و در نظام و فضاي تفكّرات ذوقي او تنفّس مي‏كرد و از مشرب حكمت متعاليه جرعه مي‏نوشيد. به نظر علاّمه صدرالمتألهين پايه بحث‏هاي خود را روي اتحاد ميان عقل، كشف و شرع نهاد و چنين تفكّري را از راه تزكيه و سير و سلوك به دست آورد.
هم چنين ايشان حواشي و تعليقات آقا علي مدرس زنوزي (1234 ـ 1307 هـ.ق) صاحب بدايع الحكم را در تهران نزد فضل الله خان آشتياني كه مردي غير معمّم و با كمال بود، ديده است. اين حواشي از دوره اسفار بيش‏تر و هر تعليقه آن به تنهايي يك رساله است. علامه براي نظريات عرفاني اين حكيم ارزش قائل بود و موقعي كه در يكي از جلسات بحث تقابل «ممكن» كه فقير است با «واجب» كه غني است پيش آمد و نظر آقا علي حكيم در بدايع الحكم مطرح شد، ايشان در آن جلسه سخني نگفت، ولي وقتي از جلسه بيرون آمد، گفت: حق با آقا علي حكيم است.32
علامه طباطبايي، از مقام و منزلت سيد بن طاووس به عظمت ياد مي‏كرد و به كتاب «اقبال» او ارج مي‏نهاد و اين عالم وارسته را اهل مراقبت تلقّي مي‏كرد. هم چنين سلوك علمي و عملي سيد بحرالعلوم را تحسين مي‏نمود و تشرّف وي و سيّد بن طاووس را به خدمت وليّ‏عصر (ارواحنا له الفداه) را به كرّات نقل مي‏كرد. به رساله سير و سلوك منسوب به سيد بحرالعلوم اهميّت مي‏داد و شاگردان را به مطالعه آن توصيه مي‏فرمود و خودشان چندين دوره از آن را براي شاگردان برگزيده و شائق و طالب حق با شرح و بسط بيان مي‏كرد. نسخه‏اي از اين اثر ثمين نزد سيد ابوالقاسم
خوانساري ـ استاد رياضي علامه در نجف اشرف ـ بوده كه علامه از روي آن نمونه‏اي استنساخ و تصحيح نموده است و علامه درباره آن فرموده: استادمان آية الله قاضي اظهار داشتند: من رساله‏اي مانند اين رساله مرحوم سيد بحرالعلوم با اين شيوايي و متانت در سير و سلوك نديده‏ام.33
يكي از ارزشمندترين آثار عرفاني كه در مناجات و دعا به رشته تحرير درآمده، كتاب شريف «المراقبات» مي‏باشد. علامه طباطبايي بر اين كتاب تقريظي نوشته كه در فرازي از آن آمده است:
«اما بعد بدان كه با اين خط كه بر كتاب «اعمال السنة» نوشته حجّت و نمونه آشكار آية الله حاج ميرزا جواد آقا ملكي تبريزي ـ قدس الله روحه ـ حاشيه مي‏زنم، قصد ستايش اين كتاب گران‏قدر يا تعريف از مؤلف بزرگوار آن را ندارم، چه اين كتاب خود بدون شك دريايي پر از درّ و گوهر است كه سنگيني آن به سنگ و پيمانه نمي‏آيد و آن نويسنده خود بدون شك دانشمند بلند پايه‏اي است كه ارزش و قدرش را با متر و وجب نمي‏توان اندازه گرفت... بلكه منظور من از نوشتن اين چند سطر آن است كه برادران عزيز و بي‏آلايشم را با بعضي از تذكراتي كه در آن است مواجه كنم و يادآوري مؤمنان را بهره‏مند مي‏سازد...».34
هم چنين بين شيخ محمد حسين اصفهاني، معروف به كمپاني (از اساتيد علامه طباطبايي) و سيد احمد كربلايي مكاتباتي عرفاني صورت گرفته كه علامه طباطبايي تذييلاتي بر آن نگاشته و استاد علامه حسن زاده آملي اين مكاتبات را استنساخ نموده كه در يادنامه شهيد قدوسي مندرج است.35
علامه طباطبايي، در معرّفي اين مكاتبات نوشته است: «[اين نوشتار] در معناي بيتي از ابيات شيخ عطار جريان يافته و به مقتضاي الكلام يجرّ الكلام دو مبناي معروف حكما و عرفا را كه هر يك از اين دو بزرگوار به تقويت يكي از آنها پرداختند و در روشن ساختن مطلوب استفراغ وسع كامل فرموده‏اند. نظر به نفاست مطلب و دقت، بحث خالي از اغلاق و غموض نبود به غرض حفظ آثار بزرگان و قضاي حق اخذ و تربيت اين بنده ناچيز محمد حسين طباطبايي در اوراقي چند به نام تذييلات و محاكمات آورده و در روشن ساختن حق مطلب كوتاهي نكردم...».36